Ứng dụng Secure Folder 4.5.0 sẽ nhanh chóng “hô biến”, mã hóa ổ đĩa, thư mục chỉ với một cú nhắp chuột. Sau khi khởi động, chương trình sẽ yêu cầu bạn đặt lại mật khẩu để mở cửa sổ làm việc (mặc định là: Password) cho riêng mình. Mỗi khi khởi động SF, bạn sẽ nhập đúng mật khẩu vừa tạo. Ở giao diện chính hiện ra, bạn đánh dấu chọn vào mục Lock để khóa thư mục, Hide để ẩn hay Encrypt- mã hóa dữ liệu bên trong thư mục. Tiếp đó bấm Add để đưa các thư mục cần xử lý vào cửa sổ chính.

Trong trường hợp cần ẩn phân vùng, ổ đĩa bạn vào menu Tools chọn Hide Drive. Tất cả các phân vùng, ổ đĩa sẽ hiện ra bên dưới cửa sổ mới. Bạn đánh dấu chọn trước ổ đĩa cần ẩn rồi bấm Hide. Bây giờ ổ đĩa lập tức biến mất. Nếu muốn hiện lại ổ đĩa đã ẩn, bạn cũng tiến hành thao tác tương tự, đến phần cuối bạn bấm Unhide All rồi khởi động lại máy tính để thay đổi có hiệu lực.
Bên cạnh đó, chương trình còn “khuyến mãi” các tiện ích khác ở menu Tools như dọn dẹp file thừa (Privacy sweep), xóa sổ vĩnh viễn dữ liệu không thể phục hồi trong thư mục, chụp hình cửa sổ chương trình Secure Folder đang hoạt động (Take Creenshot), phục hồi những thư mục bị ẩn ở các ổ đĩa (Recover Locked Folder).